با این همه، تاكنون در معدود مواردی كه منتقدان ایرانی مطلبی درباره این فیلم نوشته اند، آمیخته با خرده گیری ها و انتقادات بدبینانه بوده است.
ظاهرا یكی، دو تشكل ایرانی در این باره نامه های اعتراض آمیزی برای اولیور استون، كارگردان فیلم ارسال كرده و یك مركز فرهنگی ایرانی از هموطنان ما در سراسر جهان خواسته است كه تماشای این فیلم را تحریم كنند.
عمده خرده ها این است كه چرا با وجودی كه بخش عمده  زمان فیلم در ایران می گذرد، هیچ صحنه ای از قتل عام های اسكندر در كشور ما نشان داده نمی شود و از همه مهمتر اینكه چرا فیلم هیچ اشاره ای ندارد به آتش زدن تخت جمشید توسط اسكندر؟
اما به نظر می رسد اگر هم بتوان این خرده ها را منطقی دانست می دانیم كه بسیاری از مورخان اساسا موضوع آتش سوزی تخت جمشید را مستند نمی دانند در قیاس با نكات ایرانگرایانه فیلم، می بایست از سوی ما ایرانی ها مورد اغماض قرار گیرند.
حتی در یك فرض خوشبینانه تر می توان پذیرفت كه نویسندگان فیلمنامه اسكندر در كشاكش چالش های بین ایران باستان و یونان آن عهد، نه فقط به ایران نگاه مثبت، بلكه حتی نوعی جانبداری هم داشته اند. در این باره می توان به این نكات اشاره كرد:
- جانمایه اصلی فیلم این است كه اسكندر آنچنان مجذوب سرزمین ایران شد كه اعتقاد خویش به سروری یونانیان بر جهان را از دست داد و در نهایت به بازماندگان خویش می گوید كه پادشاهی وسروری از آن یزدان است، نه بندگان فانی كه چه یونانی باشند و چه ایرانی و هندی و بربر و سیاه، چندان فرقی با هم ندارند. نماهای آغازین و پایانی فیلم هر دو تاكید ویژه ای دارند بر نشانه فروهر. انگار كه اولیور استون بخواهد مدعی بشود اسكندر نه فقط عاشق دختری از ایران شد، بلكه در نهایت به آئین ایرانیان نیز گروید و به بهای از دست دادن سرداران خویش به شهروندی از ایران تبدیل شد.
- در سراسر فیلم، هر چند لحظه یكبار بر پرده سینما نقشه بزرگی نقش می بندد. در گوشه شمال غربی این نقشه به یونان و مقدونیه اشاره شده، در گوشه شمال شرقی آن به باكتریا باختر زمین، افغانستان كنونی كه خود بخشی از ایران بوده، در گوشه جنوب غرب به مصر ودر گوشه جنوب شرق به هند و سرتاسر زمین بین این چهارگوشه با حروف درشت پرشیا نام دارد. این نام، مرز جنوبی نقشه را نیز كه خلیج فارس باشد، در برمی گیرد.
- تصویری كه از یزدگرد و لشگریان او نشان داده می شود، بسیار باشكوه است. صحنه ای كه كمانداران ایرانی به هجوم نیزه داران یونانی پاتك می زنند، شاید زیباترین صحنه ای باشد كه هنر سینما درباره تاریخ ایران تاكنون تصویر كرده است.
- اسكندر با وجود مخالفت های سردارانش با ركسانا، شاهزاده ایرانی ازدواج می كند و دیوانه وار عاشق او می شود. البته خرده گرفته شده كه چرا ركسانای فیلم یك زن دورگه و سبزه رو است. نگارنده چون خود از همین ركسانا هم قدری سیه چرده تر است، این خرده را نیز چندان منطقی نمی داند.
- در جایی از فیلم، وقتی مهمترین سردار اسكندر با عصبانیت به او اعتراض می كند كه چرا به جای ازدواج با یك دختر یونانی می خواهد با یك بربر ازدواج كند؟ اسكندر او را به كنار پنجره برده و با نشان دادن شكوه و عظمت تخت جمشید به او یادآور می شود كه ایرانی ها از یونانی ها تمدن بسیار باشكوه تری دارند و نمی توان آنها را بربر دانست. البته اولیور استون، در طراحی دكورهای تخت جمشید اشتباه بزرگی را مرتكب شده. در فیلم اسكندر، تخت جمشید شهر بسیار بزرگی است با انبوهی برج و باروها و باغستان های عظیم، در حالی كه تخت جمشید هرگز یك شهر نبوده و حتی كاخی مسكونی هم نبوده است و فقط محلی بوده برای برگزاری مراسم.
- ایرانیان فیلم اسكندر انسان هایی خوش  قد و قامت، خوش سخن و اخلاقگرا هستند. در حالی كه تصویری كه از لشگریان یونان نشان داده می شود، مردمانی ستیزه جو و دچار انحراف جنسی است. می دانیم كه به همین خاطر هم اسكندر اولیور استون با اعتراض گسترده مردم یونان و مقدونیه روبه رو شده و حتی در كشور مقدونیه مردم به سینماهای نمایش دهنده فیلم حمله كرده اند.
- فیلم به دیگرپذیری و مدارای مردم ایران تاكیدی ویژه دارد، اینكه فرهنگ ایران زمین به واسطه غنای بیكرانش همواره پذیرای دیگر فرهنگ ها بوده و به سرعت آنها را در خود حل كرده است. در طول تاریخ اگر هم كمانداران و سواركاران ایرانی نتوانسته اند در برابر دشمنان مهاجم مقاومت كنند، این فرهنگ ایرانی بوده كه به سرعت دست به كار شده و با حل مهاجمان در خویش، در نهایت آنها را مغلوب كرده است. اسكندر اولیور استون این نكته تاریخی را به وضوح نشان می  دهد و به عبارتی تاكید می كند كه چرا كشور ایران تنها تمدن كهنسال جهان است كه هرگز در آن نسل كشی و درگیری های قومی و مذهبی و نژادی رخ نداده است.
با توجه به آنچه كه گفته شد، به نظر می رسد اسكندر اولیور استون از جانب ما ایرانی ها بیشتر از اینكه مستوجب خرده گیری باشد، جای دقت و توجه دارد.